En effet, le marché d’aujourd’hui occupe depuis le XIXe siècle l’emplacement de l’ancien couvent de la Merced. Auparavant, un marché se tenait régulièrement, tout d’abord sur la Plaza Vieja (alors dénommée Plaza de la Verdura et Calle de la Lechuga), ensuite aux abords de l’église San Jorge où subsistent encore les noms Plaza Mercadal et Calle Mercado Viejo.

Les moines de la Merced étaient déjà présents à Tudela au XIVe siècle, époque à laquelle ils vivaient en face du pont sur l’Èbre, avant de venir s’installer à la fin du XVIe siècle dans le couvent de la rue aujourd’hui dénommée Calle Merced.

Les moines furent définitivement expulsés en 1835 suite à la loi espagnole de désamortissement des biens des ordres religieux masculins, la ville récupérant alors les bâtiments pour en faire un marché. Après la démolition de l’église et la conservation du cloître du couvent, le marché est inauguré en janvier 1841 sous le nom de Mercado Cristina en honneur à la reine Marie Christine de Bourbon, mère régente de la reine Isabelle II qui était alors mineure.

En 1860 furent ajoutées au marché des marquises métalliques dont certains se souviennent encore.

Vers 1950, d’importants travaux de restauration furent effectués pour améliorer les conditions d’hygiène de l’établissement. En 1986, des travaux complets d’aménagement sont également entrepris jusqu’à aujourd’hui, afin de moderniser le marché, de l’adapter aux exigences actuelles et ainsi régénérer et revitaliser le centre historique. Ces travaux de rénovation ont permis d’obtenir un nouvel alignement (conformément au Plan spécial de protection et d’aménagement urbain), de moderniser la couverture et la structure, de créer de nouvelles ouvertures dans la façade, de recouvrir une partie de l’espace central avec des éléments métalliques et de restaurer le cloître pour en faire un espace intérieur de vie et de loisirs.

En 2006 commence le projet de construction du supermarché au centre du cloître, et des espaces annexes alors sans usage sont aménagés.